薌城區位于福建省東南部，九龍江下游漳州平原地帶。區境地勢西北高，東南低。西北系博平嶺東翼余脈，屬侏羅系南園組火山巖組成的山 地丘陵。最高峰天寶山的三尖峰，海拔高度928.8米，與五鳳（峰）山（775米）、金沙大嶺 （574．6米）連綿形成天然屏障。東南地勢平坦。九龍江西溪與北溪夾峙區境而過，形成沖積平原。區境南北長25.l公里，東西寬23.4公里。土地總面積264.59平方公里。其中山地50.33平方公里，占19.02％；丘陵125.76平方公里，占47.53％；平地84.59平方公里，占31.97％；低洼地3.91平方公里，占1.48％。
區內屬南亞 熱帶海洋性季風氣候。春夏多偏南風，秋冬多偏北風。由于地形影響，市區全年盛行東南偏東風，多年平均年風速1.7米／秒。大風日數6.8天。年平均氣溫21.1℃。全年日照2060小時。無霜期為330天～319天。全年雨量1450毫米～1612毫米左右。平均相對濕度 79％。適宜發展熱帶、亞 熱帶作物。
區境河道縱橫，池塘密布，水源豐富。主要水系有流經區境的九龍江西溪和北溪。西溪 區間溪長22.7公里，北溪區間溪長19.1公里。有流經五鳳、過塘入寶新渠道的畸下溪。有市區環城河、詩浦人造河、塘頭河、鰲浦大湖、墨溪大湖等。還有大小池塘、井、渠遍布郊區。水資源年平均可達121.3億立方米，為工農業發展提供有利條件。土壤資源主要是水稻土、磚紅壤性紅壤、紅壤和沖積土4大土類、13個亞類，土壤肥 力屬中等水平。
由于氣候適宜，野生動、植物資源豐富。現存有南亞 熱帶雨林、亞 熱帶針葉林、落葉闊 葉林、亞 熱帶灌叢、亞 熱帶草叢、竹林和沼澤水生植物等7個基本類型。苔蘚植物51科81種，藻類植物14科20屬23種。裸子植物5科5屬12種，被子植物104科311屬454種。野生動物有獸類7目19科31種；飛禽類有11目31科67種。水生動物中魚類15科44屬47種；兩棲類有13種；爬行類9科28種。
礦藏有建筑用花崗巖、磚瓦粘土、高嶺土、河沙、泥煤、耐火粘土等。還有豐富的飲用天然礦泉水。特別是地下熱水分布城鄉，資源儲存量達 15063×1515千卡，相當于 21518.39萬噸標準煤。
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