2000年，紅旗區轄11個街道。根據第五次人口普查數據，全區總人口330170人，各街道人口：西街街道16791、東街街道28676、渠東街道73554、花園街道30007、北干道街道37415、東干道街道48071、南干道街道33579、榮校路街道27500、向陽小區街道8930、開發區街道23950、衛河街道1697。
2003年12月25日，國務院批準（國函[2003]134號）：將新鄉縣的關堤鄉、洪門鎮（不含王灣、李村、趙村、賈屯、梁任旺、定國、呂村、堡上、孫村、東聶莊、秦莊11個村）劃歸紅旗區管轄；將原郊區平原鄉的孟營一村、孟營二村、孟營三村、城關、東關、駱駝灣、馬小營、張莊、段村、留莊營、飲馬口、西馬小營、臧營13個村劃歸紅旗區管轄。將紅旗區的東干道、北干道、榮校路、花園4個街道劃歸牧野區管轄。調整后，紅旗區轄東街、西街、渠東、南干渠、向陽5個街道和關堤鄉、洪門鎮。區人民政府駐新生巷。
2004年1月，新鄉市區劃調整后，紅旗區北部以衛河—興隆街—東二環—平原路為界，與牧野區隔河相望，西部以勝利路—化工路—和平路為界，與衛濱區毗鄰，東南與新鄉縣交界，轄關堤鄉、洪門鎮2個鄉（鎮），以及東街、西街、渠東、南干道、向陽5個街道辦事處，共33個行政村，23個社區居委會，3個實業公司。總面積92平方千米，總人口226327人。 截至2005年12月31日，紅旗區轄5個街道、1個鎮、1個鄉：渠東街道、南干道街道、東街街道、向陽小區街道、西街街道；洪門鎮；關堤鄉。
2006年7月26日，新鄉市人民政府《關于調整市高新技術產業開發區和小店工業園區管理范圍的通知》（新政文[2006]109號）：將紅旗區關堤鄉整建制劃歸市高新技術產業開發區管理，將紅旗區小店鎮的邢莊、賈李莊、李胡寨、北張興莊、張興莊、夏莊、賈堤、馮堤、魏堤、第五疃、樊莊等11個建制村劃歸小店工業園區管理；紅旗區的行政區劃不變。
2006年8月13日，新鄉市人民政府《關于調整紅旗區延津縣新鄉縣原陽縣部分行政區劃的通知》（新政文[2006]104號）：根據《河南省民政廳關于調整新鄉縣原陽縣部分行政區劃的批復》（豫民行批[2006]13號）和《河南省民政廳關于調整新鄉市紅旗區延津縣新鄉縣部分行政區劃的批復》（豫民行批[2006]14號），紅旗區、延津縣、新鄉縣、原陽縣部分行政區劃進行調整。其中：將延津縣的小店鎮整建制劃歸紅旗區管轄；將新鄉縣朗公廟鎮的油坊堤建制村和紅旗區洪門鎮的南馬莊、東臺頭、西臺頭、東楊村、西楊村5建制村，共6建制村劃歸紅旗區關堤鄉管轄；將關堤鄉的關堤、申店、東陳莊3建制村劃歸洪門鎮管轄。調整后紅旗區轄洪門鎮、關堤鄉、小店鎮3個鄉（鎮），5個街道辦事處；洪門鎮轄原堤、張堤、保安堤、趙樓、洪門、喬謝、公村、留莊營、段村、張莊、駱駝灣、東關、孟營一村、孟營二村、孟營三村、馬小營、城關、關堤、申店、東陳莊，共計20個建制村，鎮政府駐地不變；關堤鄉轄張八寨、莊巖、任莊、大介山、小介山、郭小莊、劉莊、司馬、柿園、白馬、塔小莊、劉堤、馬堤、油坊堤、南馬莊、東臺頭、西臺頭、東楊村、西楊村，共計19個建制村，鄉政府駐地暫不變。紅旗區與延津縣、新鄉縣的邊界線：紅旗區北部邊界以衛河—興隆街—東二環—平原路—小店鎮的北部邊界為界，西部邊界以勝利路—化工路—和平路為界，南部邊界以關堤鄉的南邊界、小店鎮的南邊界為界，東部邊界以小店鎮的東邊界為界；延津縣西邊界以調整后的紅旗區東邊界為界；新鄉縣北邊界以市區的南邊界為界
